bot_sequencias_genBank

Um bot em python que faz o download de sequências em XML de alguns arbovírus retiradas do banco de dados Genbank, usando o Chrome como navegador padrão. Uma pequena lista dos vírus disponíveis para download:

• Dengue (todos os tipos)
• Chikungunya
• Zika
• Oropouche

Sobre o navegador

Para usuários de Linux sem o Chrome instalado, acessem aqui um simples tutorial

Criação de um ambiente virtual

• Dentro da pasta do projeto, rodar no terminal:

   python3 -m venv "nome do ambiente virtual"
  

• Para ativar o ambiente virtual:

  • Linux:

       source "nome do ambiente virtual"/bin/activate
    

  • Windows:

       "nome do ambiente virtual"\Scripts\activate.bat
    

• Para desativar o ambiente virtual:

  deactivate
  

Instalando as bibliotecas

Dentro da pasta do projeto, rodar no terminal:

 pip install -r requirements.txt

Formatando o código

Usei algumas bibliotecas para melhorar a formatação, organização e leitura do código:

• black: formata o código python de acordo com PEP 8
• isort: formata automaticamente as importações de acordo com a PEP 8: em ordem alfabética e organizada por seções e tipos.

Então, rode os comandos abaixo:

   black <caminho/do/arquivo-modificado.py>
   isort <caminho/do/arquivo-modificado.py>

Problemas com o chromedriver

No caso de problemas com o diretório de destino do arquivo com as sequências virais baixadas, ou com erro do driver do tipo:

OSError: [Errno 8] Exec format error: /.../.wdm/drivers/chromedriver/.../THIRD_PARTY_NOTICES.chromedriver'

algumas alternativas são:

Reinstalar o webdriver-manager

• Desinstalar o webdriver-manager:

   pip unistall webdriver-manager
  

• Limpar o cache criado pela biblioteca:

  • Linux:

         rm -rf ~/.wdm
    

  • Windows:

       rd /s /q C:\Users\"SeuUsuario"\.wdm
    

• Reinstalar o webdriver-manager:

   pip install webdriver-manager
  

Somente atualizar o webdriver-manager

   pip install --upgrade webdriver_manager

Além de atualizar, editar arquivo de logs do webdriver-manager

• (na root do seu sistema Linux) navegar até o diretório do webdriver-manager:

   cd /home/seuUsuario/.wdm/
  

• se quiser visualizar:

  • o conteúdo da pasta: ls
  • o arquivo antes de editar: cat drivers.json

• para editar o arquivo usando o ambiente do nano:

   nano drivers.json
  

• no ambiente do nano, apague a entrada referente ao último uso do chromedriver, que provavelmente terá no fim do seu conteúdo algo como:

  /THIRD_PARTY_NOTICES.chromedriver

• para salvar no nano:

  Ctrl + O, Enter, Ctrl + X

• visualize novamente o arquivo para verificar alterações feitas com o comando do cat e se preciso reinicie seu terminal